O Porto de Maputo contém duas áreas portuárias principais:

Existem dois canais de acesso a partir do mar aberto que encaminham para a Baía de Maputo, o Canal do Norte com uma profundidade limite de 10,1m e o Canal do Sul com uma profundidade limite de 8m. Ambos os canais passam a Norte da Ilha dos Portugueses e estão bem marcados por bóias iluminadas. Os Mestres deverão ter cautela ao usar o Canal do Sul e recomenda-se que contactem a Autoridade Portuária para obterem a mais recente informação, salvo indicação em contrário.

A distância da entrada do Canal do Norte da Bóia 1N até à Estação-Piloto na Bóia 6 é de 25 quilómetros, enquanto a distância da entrada do Canal do Sul da Bóia 1S até à Estação-Piloto é de 13 quilómetros. Da Estação-Piloto na Bóia 6 os Canais da Xefina, Polana e Matola encaminham para o cais e terminais.

Os navios procedentes do Sul e que usem o Canal do Sul poupam uma distância de navegação de aproximadamente 30 milhas.

* Todas as profundidades são ao nível zero e a maré real deverá ser adicionada (máx. 3,9 m e mínimo 0,2 m). A tabela de marés é publicada pelo INAHINA (Instituto Nacional de Hidrografia e Navegação). Todas as ajudas à navegação são fornecidas e mantidas pelo INAHINA